鈣以果膠鈣與其他物質一起構成細胞壁，細胞分裂也要有鈣的存在，因此缺鈣會妨礙細胞的形成，細胞壁受到破壞根尖細胞受到明顯破壞。鈣對氮的氮的代謝也有一定的作用，根尖實驗表明，鈣離子對蛋白質和酰胺的合成有促進作用，豆類作物根瘤的形成和固氮作用都要求有較高濃度的鈣營養。如鈣不足則影響作用的固氮過程，所以在酸性土壤中種植大豆、花生等豆類作物時施用石灰粉會有良好的效果。
鈣還是某些酶的水活化劑，鈣還有調節植物體內PH值的作用，鈣與鉀同時存在，對維持細胞生理平衡和原生物質膠體的正常狀態有重要作用，鈣離子下多種離子有拮抗作用，因此，有鈣存在可避免或減少銨、氫、鋁、鈉離子過多的毒害，此外，鈣與真菌病害有一定的關系，據研究，鈣含量與真菌病害的感染呈負相關，即鈣多病輕，鉀多鈣少時病重，如番茄青枯病的發生于莖中鈣的含量呈負相關。
作物主要吸收鈣離子，豆類作物和蔬菜及果樹需鈣較多，禾谷類作物需鈣較少，鈣在植物體中移動性小，主要集中在較老的組織中，很少向幼嫩器官運輸，因此作物缺鈣癥狀首先在根尖，、頂芽和心葉發生。缺鈣的癥狀是植株矮小，未老先衰，幼葉卷曲而脆弱，也中有壞死組織，根尖和生長細胞組建腐爛死亡，許多作物的果實頂部腐爛，如西瓜、番茄、馬鈴薯頂部變腐爛。
作物缺鈣可施用石灰和其他鈣肥改善鈣營養，但效果快的是噴0.3-0.5的螯合鈣溶液。